La finalidad de la habilitación de los refugios fue incrementar el área de recuperación de las poblaciones de especies nativas y mejorar la calidad de su hábitat a lo largo de un corredor ubicado en la zona núcleo del Área Natural Protegida. El planteamiento consistió en considerar a la chinampa y a los apantles o zanjas como una unidad ambiental, cuya interacción es altamente dependiente una de otra. Es decir, las actividades que se desarrollan en la chinampa inciden directamente en la calidad de los apantles, y ésta a su vez influye en la conservación de la vocación agrícola de las chinampas.

Durante este proyecto se rehabilitaron 2,500 m2 de chinampa para el cultivo, se produjeron 15 toneladas de composta y 600 litros de biofertilizante. Además, se realizó un manual de control de procedimientos para manejo de abonos orgánicos y hortalizas en chinampas. Se estableció la relación costo-beneficio de mantener una chinampa con su refugio. Se elaboró el análisis financiero de la unidad ambiental Chinampa – Refugio que presenta a detalle los costos de habilitación y mantenimiento de una propuesta que permite mejorar las condiciones ambientales de la zona lacustre de Xochimilco a la vez que se producen  alimentos, se recuperan canales o zanjas, se rehabilita el hábitat de especies endémicas y se mejoran las condiciones de agua para riego. Se instalaron cinco sondas multiparamétricas y una estación  meteorológica para el registro continuo de variables ambientales. 
Se diseñó una plataforma digital vinculada con la UNIBIO para ingresar a la Long Term Ecological Research en México. Se realizó un estudio de la variación espacial de variables bióticas y abióticas de  Xochimilco. Se le dio continuidad al programa de extracción de especies exóticas mediante la pesca de 50 toneladas. Se analizó el estado de las poblaciones de especies exóticas y se realizó un análisis sobre la calidad del producto pesquero para el consumo humano.